Alapításától kezdve az Eötvös Collegium hivatása az, hogy a magyar nemzet legtehetségesebb egyetemi polgárait támogassa, tudományos előmenetelüket segítse. Jóllehet, a Collegium ma sok tekintetben eltér a háború előtti nagyhírű elődjétől, a célja változatlan: olyan kiválóan fölkészült szakemberek képzése, akik tudományterületükön az átlagot meghaladó tudással rendelkeznek, önálló kutatómunkára képesek, és akiknek a tudomány művelése nem csupán szakma, hanem tanári hivatás is.
A Collegium az Universitas szellemét követve saját felvételi eljárás keretében négy egyetemi karról vesz fel tagokat. A collegisták kétharmad részben a Bölcsészettudományi Kar, egyharmad részben pedig a Természettudományi Kar, az Informatikai Kar, illetve a Társadalomtudományi Kar hallgatói közül kerülnek ki. Ez a sokszínűség, a különféle tudományterületek mindennapos érintkezése a Collegium kimagasló eredményeinek a záloga.
A Collegium az Eötvös Loránd Tudományegyetem szakkollégiumaként belső autonómiát élvez, szabadon határozza meg tantervét és egyéb oktatási programjait, amelyek az egyetemi képzést egészítik ki. A színvonalas oktatói-kutatói munka hátterét a magyar szellemi elit Collegiumhoz kötődő képviselői biztosítják részint aktív tanárként, részint az Eötvös Collegium Baráti Körének tagjaként, valamint a collegisták mentoraként.
A Collegium oktatási célkitűzései között - a hagyományoknak megfelelően - egyszerre van jelen a széles körű, európai horizontú tudományos tájékozódás és a nemzeti hagyományok ápolásának igénye.
